Возможные причины возникновения. 

1. Ошибка PHP. 

2. Сторонние ошибки (смотрите ниже)

3. Срабатывает Mod_security (отключите его в cPanel, одноименный раздел)

Наиболее часто это ошибка PHP, как её увидеть?

Можно включить error_log или display_errors в php. Display_errors показывает ошибки на экране. Error_log создаёт фаил ошибок в той же папке где запускается скрипт. Что бы включить переменную error_log или display_errors  используйте эту инструкцию, 

Опции и переменные меняются через раздел "Смена версии PHP" в cPanel , там найдите раздел "Перейти к опциям PHP" . Там же вы можете сменить версию PHP и изменить модули и библиотеки PHP.

Подробнее вы можете посмотреть в этом видео:

Если нет ошибки в PHP?

Что бы определить почему у вас возникает ошибка 500 (Internal server error), попробуйте посмотреть "Журнал ошибок" в cPanel. 

Почему эта ошибка может возникать? 

Очень часто это ошибки в файле .htaccess, либо не верный права на файлы. Проверьте что бы на файлы стояли права 644, а на папки 755. Нельзя использовать права 777 или 666! 

Для фалов CGI или Perl обычно ставятся права 755.

Срабатывает Mod_security (отключите его в cPanel, одноименный раздел)